Eine frühe Besiedlung der Gegend belegen Funde aus der Jungsteinzeit und der Römerzeit. Die erste schriftliche Erwähnung des Ortes findet sich 1197 in einer Schenkungsurkunde, im Pappenheimer Urbar 1214 erscheint er als „Jageshofen“.
Die Pfarrkirche zum Heiligen Kreuz Kirche, früher Wallfahrtsort und zur Diözese Eichstätt gehörig, steht oberhalb des Ortes, der Name rührt von einer Kreuzreliquie her. In der Nähe waren Burg und Hofgut – mit wechselnden Besitzern – situiert. Ihr Auskommen sicherten die Dorfbewohner durch Fischerei und Landwirtschaft. Heute dominiert Wohnbebauung. In der Nähe der Sportanlagen befindet sich das Naherholungsgebiet „Joshofener Weiher“ mit einer Jugendübernachtungsstätte. Joshofen wurde am 1. Januar 1976 in die Große Kreisstadt Neuburg an der Donau eingemeindet.